http://farshi.blog.ir/1392/08/10/%D8%AC%D8%B2%DB%8C%DB%8C%D8%A7%D8%AA-%D9%81%D8%A7%D8%B1%D8%B3%DB%8C-%D9%86%D9%88%DB%8C%D8%B3%DB%8C-%D8%AF%D8%B1-IPE-Drawing
این زیرشاخه از جایی که خودش را نصب کردید را به PATH از environment variables اضافه کنید:
...\XePersian TeXLive Portable\texlive\bin\win32;
و برای اینکه وقتی کلیک می کنید روی یک فایل .tex با xepersian قابل حمل بازش کند هم کافی است این فایل را به عنوان برنامه ای که این را باز می کند معرفی کنید:
...\XePersian TeXLive Portable\Texmaker\TexMaker.exe
خلاصه اینکه دستور ~\مرجع کار نمیکرد من همان \cite را گذاشتم درست شد! :)
خب وقتی نمیشه فارسی نکنید.